硅藻土的過濾原理主要是利用其自身的孔結構進行過濾。硅藻土有一定的孔隙度，孔隙度不僅對于流量而言有影響，還有對于過濾水質的影響。硅藻土的孔徑范圍比較小，但數量很大，可以將水中的懸浮顆粒或者細菌、微生物等物質逐層過濾掉，在保證高質量水的同時，也能夠有效地延長硅藻土介質的使用壽命。
硅藻土過濾機的工藝原理主要分為預處理、過濾和回收三個步驟。
1、預處理階段
預處理是指將原水進行化學和物理上的處理，以達到硅藻土過濾的最佳效果。預處理工藝通常包括混凝、沉淀、氧化、和消毒等。混凝是指在水中添加化學物質，將水中的小顆粒聚合成較大顆粒，以便于后續的過濾處理。沉淀是指將水中的懸浮顆粒通過重力沉降作用降落到底部。氧化作用是指將水中難以分離或降低的物質，通過加氧化劑對水中難以降解化合物進行氧化降解。消毒是指通過加入消毒劑將水中的雜質、細菌、病毒等草除，保證后續水質的穩定性和安全性。
2、過濾階段
過濾階段是指水經過硅藻土過濾器進入過濾層，硅藻土過濾器中的硅藻土介質對水進行過濾。硅藻土介質的孔徑在 0.02-0.03 毫米之間，這個尺度的通道可以過濾除水中的雜質，過濾完以后的水可直接作為表面水源利用。過濾通道中壁面的靜電等因素也會影響到自由態的雜質被硅藻土顆粒吸附的效率。
硅藻土過濾機的過濾效率受到多種影響，如濾速、濾池排污途徑、溢流等，需要根據實際加工的水性質、濾池性質選擇最佳的處理條件，使硅藻土過濾機的處理效果達到優。
3、回收階段
回收階段主要是將過濾后的水通過管道回收和儲存，以便在后續的生產和生活中使用。硅藻土過濾機通常會進行二次過濾和消毒以確保水質的衛生安全。
